Neste momento já podemos escrever algoritmos que leêm e escrevem valores e manipulam o valor das variáveis. A ordem de execução das instruções, no entanto, é sempre estritamente sequêncial, sendo sempre todas as instruções executadas começando na primeira até à última. Por vezes, no entanto, ao resolvermos um problema, necessitamos fazer escolhas entre várias possibilidades de acções a tomar.
Um algoritmo para conduzir um carro, por exemplo, ao passar num semáforo, se o sinal estiver vermelho deve dar instruções para parar o carro, se estiver verde deve dar instruções para continuar. Voltando ao algoritmo 3.3, para podermos indicar se o aluno passou ou não, necessitamos de alguma instrução que nos permita escrever que o aluno passou caso a média seja positiva e escrever que o aluno reprovou caso a média seja negativa. Essa instrução é a instrução condicional se:
Esta instrução lê-se do seguinte modo: se uma dada condição
for verdadeira (para 
entre 1 e 
), é executada a acção 
; se nenhuma das condições for verdadeira, é executada a acção da cláusula senao (neste caso a ação 
).
Embora a cláusula senao não seja obrigatória, devem sempre indicar-se as acções a executar para todas os casos possíveis. Se para uma dada situação não é necessário executar nenhuma acção, utiliza-se a acção nula: nada.
Podemos agora escrever o algoritmo para ler as três notas de um aluno e indicar se ele passou:
