Departamento de Informática (UM)

Algoritmos Avançados de Bioinformática

11641 [ME37ME3700004765]

Mestrado em Bioinformática [MBINF]

S2

Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes

Objetivos

Esta unidade curricular enquadra-se na área científica de Bioinformática, contribuindo para uma oferta formativa abrangente, com especialização nesta área do conhecimento.
A UC pretende promover a aquisição de competências avançadas ao nível da compreensão e implementação de algoritmos na área da Bioinformática, incluindo métodos de otimização e sua utilização para resolução de problemas biológicos.

Programa

1. Grafos e algoritmos sobre grafos relevantes na Bioinformática.
2. Redes biológicas, sua representação e análise.
3. Algoritmos para procura eficiente de padrões em sequências.
4. Algoritmos para alinhamento de sequências contra referências de grande dimensão.
5. Algoritmos para assemblagem de genomas.
6. Métodos metaheurísticos de otimização e suas aplicações em Bioinformática.
7. Implementação de algoritmos avançados de Bioinformática em python.

Bibliografia

N. C. Jones, P. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004.

H.J. Bockenhauer, D. Bongartz. Algorithmic Aspects of Bioinformatics, Springer, 2007.

D. Mount, Bioinformatics: Sequence and genome analysis, 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2006.

P. Compeau, P. Pevzner. Bioinformatics Algorithms: An active learning approach, vols. 1 e 2, 2015.

Resultados da aprendizagem

- Identificar e descrever conceitos e problemas avançados na área da Bioinformática, relacionados com o processamento de sequências e outro tipo de informação biológica;
- Escolher classes de algoritmos e estruturas de dados apropriadas para a resolução de problemas complexos de Bioinformática;
- Conhecer e saber aplicar ferramentas em linha de comando para resolução de problemas complexos em bioinformática;
- Conhecer as principais alternativas ao nível de metaheurísticas de otimização e suas aplicações em problemas avançados de Bioinformática;
- Implementar algoritmos avançados de Bioinformática, incluindo metaheurísticas, numa linguagem de programação apropriada.

Método de avaliação

Os alunos serão avaliados por:
1. Teste escrito - a realizar no final do semestre;
2. Avaliação contínua individual - resolução individual de questões e exercícios práticos a submeter em vários momentos ao longo do semestre.

Funcionamento

Turno: T 1; Docente: Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes; Dep.: DI; Horas: 30.
Turno: PL 1; Docente: Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes; Dep.: DI; Horas: 15.