Departamento de Informática (UM)

Algoritmos para Análise de Sequências Biológicas

15881 [ME37ME3700004761]

Mestrado em Bioinformática [MBINF]

S1

Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes

Objetivos

Conforme os objetivos definidos, a unidade curricular aborda um conjunto de classes de problemas de bioinformática relacionados com a análise de sequências biológicas, os principais algoritmos para a sua resolução e a sua implementação usando uma linguagem de programação. Os conteúdos programáticos estão organizados de acordo com estes objetivos identificando as principais classes de problemas e os algoritmos relevantes segundo uma ordenação lógica dos seus conteúdos. A implementação destes algoritmos está implicitamente incluída nestes itens.

Programa

- Algoritmos básicos de processamento de sequências biológicas.
- Procura de padrões em sequências.
- Alinhamentos de sequências (simples e múltiplos).
- Procura de sequências similares em bases de dados.
- Algoritmos para análise filogenética.
- Descoberta de padrões (motivos) a partir de conjuntos de sequências.
- Algoritmos para a descoberta de genes.
- Implementação de programas bioinformáticos usando a linguagem python.

Bibliografia

M. Rocha, P. Ferreira. Bioinformatics Algorithms; Design and Implementation in Python. Academic Press, 2018.
P. Compeau, P. Pevzner. Bioinformatics algorithms: an active learning approach, vols. I and II. 2nd edition. 2015
H.J. Bockenhauer, D. Bongartz, Algorithmic Aspects of Bioinformatics, Springer, 2007.
N. C. Jones, P. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004
S. Bassi, Python for Bioinformatics. Chapman & Hall. 2010

Resultados da aprendizagem

1. Identificar e relacionar os principais problemas relacionados com a manipulação de sequências biológicas e sua relevância.
2. Conhecer os principais algoritmos ao nível do processamento e análise de sequências biológicas.
3. Desenvolver algoritmos de processamento e análise de sequências para abordar problemas biologicamente relevantes.
4. Implementar algoritmos de processamento e análise de sequências biológicas usando uma linguagem de programação.

Método de avaliação

Os alunos serão avaliados por:
(i) testes escritos - a realizar durante o semestre (com um peso entre os 75% e os 90%);
(ii) avaliação contínua individual - resolução individual de questões e exercícios práticos a submeter ao longo do semestre (com um peso entre os 10% e os 25%).

Funcionamento

Turno: T 1; Docente: Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes; Dep.: DI; Horas: 30.
Turno: PL 1; Docente: Francisco Supino Marcondes; Dep.: DI; Horas: 15.