Departamento de Informática (UM)

Laboratórios de Bioinformática

15882 [ME37ME3700004760]

Mestrado em Bioinformática [MBINF]

S1

Miguel Francisco Almeida Pereira Rocha

Objetivos

Conforme os objetivos definidos, a unidade curricular promove a apresentação e a exploração avançada de recursos bioinformáticos, incluindo bases de dados, ferramentas e bibliotecas de sistemas de software aberto, o que está completamente alinhado com os itens dos conteúdos programáticos onde são listadas as principais ferramentas e os tópicos abordados.

Programa

- Bases de dados de sequências biológicas e suas ferramentas de pesquisa.
- Formatos de representação de sequências biológicas.
- Programas para exploração de genomas.
- Ferramentas para processamento e análise de sequências de ADN.
- Ferrmentas para processamento de dados de sequenciação (NGS): alinhamento contra referências e análise de variantes.
- Ferramentas para procura de sequências homólogas: BLAST.
- Ferramentas para alinhamento simples e múltiplo de sequências.
- Ferramentas para análise filogenética de sequências.
- Ferramentas para procura de domínios conservados em sequências de proteínas.
- Ferramentas e bases de dados para estudo de proteínas: previsão de estruturas; localização sub- celular; modificações pós-tradução.
- Análise integrada de informação biológica em larga escala.
- Repositórios de software livre (e.g. BioPython).

Bibliografia

D. Mount, Bioinformatics: Sequence and genome analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd edition, 2005.
A. Baxevanis, F. Ouellete (Eds) Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of genes and proteins, Wiley, 4th ed., 2020.
A.M. Lesk. Introduction to Bioinformatics. Oxford, 3rd ed. 2008.
J. Chang et al. Biopython tutorial and cookbook. Last update Nov. 2016. Consultado em
http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html

Resultados da aprendizagem

A UC promove a exploração avançada de recursos bioinformáticos, incluindo ferramentas e bases de dados, sua integração para a resolução de problemas, bem como a análise crítica dos seus resultados. Principais resultados de aprendizagem:
- Identificar e classificar as principais bases de dados na Bioinformática;
- Pesquisar e integrar informação das principais bases de dados e outras fontes de informação na área da Bioinformática, quer usando aplicações web, quer por linhas de comando;
- Identificar as principais ferramentas disponíveis ao nível da análise de sequências biológicas e sua anotação;
- Saber usar e avaliar criticamente os resultados de ferramentas Bioinformáticas e suas implicações biológicas;
- Conhecer e saber utilizar repositórios de software livre em Bioinformática, para a construção de programas para tarefas específicas com sequências biológicas;
- Aplicar as ferramentas de Bioinformática em scripts para processamento de sequências e outra informação em larga escala.

Método de avaliação

Os alunos serão avaliados por:
(i) avaliação contínua individual - resolução de exercícios ao longo das aulas práticas;
(ii) trabalho prático em grupo - aplicação das ferramentas e de scripts a problemas de análise de informação biológicas em
larga escala;
(iii) teste individual realizado em formato eletrónico.
Os pontos (ii) e (iii) terão pesos idênticos e representarão aproximadamente 80 a 90% da avaliação, sendo 10 a 20% reservados para o ponto (i).

Funcionamento

Turno: T 1; Docente: Miguel Francisco Almeida Pereira Rocha; Dep.: DI; Horas: 7.5.
Turno: T 1; Docente: Óscar Manuel Lima Dias; Dep.: DEB; Horas: 7.5.
Turno: PL 1; Docente: ; Dep.: DEB; Horas: 5.
Turno: PL 1; Docente: Joana Lúcia Lima Correia Rodrigues; Dep.: DEB; Horas: 7.
Turno: PL 1; Docente: Luís Daniel Rodrigues Melo; Dep.: DEB; Horas: 3.
Turno: PL 1; Docente: João Filipe Silva Correia; Dep.: DI; Horas: 15.